Вот и у меня вылезло предупреждение. Либо движок дырявый, либо после предыдущих случаев оставался ещё какой бэкдор.
Я на своих проектах, сталкивающихся с аналогичной проблемой (например, забыл обновить какой-то компонент, в итоге посадили на сайт бэкдор), делаю полную копию с хоста и сравниваю её либо с эталонным сайтом, развёрнутым с нуля, либо с копией из SVN (это вообще самый удобный способ со всех сторон).