Думаю муфту стоит разобрать раз уже вскрыл варик.. Нужен съёмник который поможет тебе выдавить муфту с вала. Это не сложно. Если подшипники 10 000 должны пройти то я бы их менял, ибо через 10 опять все вскрывать во время сезона ?
По цепи и клапанам - все в мануале написано подробно. Не разберешься - пиши. 
Обычно до 100 000 пробега вопросов с клапанами не возникает.. 
Цепь может начать постукивать из-за компенсатора натяжителя  -  меняется  вместе с лыжами (ну и с цепью если раздолбалась) и все пучком снова...Но опять же это уже на больших пробегах, да и особо не мешает это, многие  и так ездят и не лезут...  
У тебя к6, значит натяжитель-компенсатор уже усиленный, так что вряд ли вообще у тя скоро это будет...
Где купить шестерни могу подсказать где только по дороже )) это в Одессе ))
Герметик возьми любой применяющийся в таких случаях в автопроме, многие и без него собирают..